Справившись с Боузером и вернув покой в Бруклин, Марио ждала новая угроза. Коварный союз между бандой Варио и Боузером-младшим поставил под удар всё королевство. Теперь герою предстоит объединить усилия с верными соратниками и неутомимым Йоши, чтобы остановить их опасные замыслы. Ведь если планы врагов осуществятся, они подчинят себе весь мир.